С 1992 года — в ВВС Краснознамённого Северного флота, командир эскадрильи 279-го отдельного корабельного истребительного авиационного полка. Один из пионеров авианосной авиации России, освоения полётов с палубы корабля. Освоил 9 типов самолётов, в том числе Су-27, Су-33. В августе 1994 года одним из первым в России совершил посадку на палубу тяжелого авианесущего крейсера «Адмирал Флота Советского Союза Кузнецов». К 2003 году таких посадок выполнил 135, имеет налёт в 2330 часов, из них 615 — над морем. В дальнейшем сам обучал лётчиков полётам с авианосца, участник нескольких морских походов на авианосце. В одном из походов в паре с Героем Российской Федерации генерал-майором авиации Апакидзе Т.А. произвёл перехват неизвестной воздушной цели, находящейся в районе учений Краснознамённого Северного флота. Цель оказалась разведывательным самолетом ВВС Норвегии «Орион», который был согласованными действиями лётчиков вытеснен из района учений. С 1997 года — заместитель командира по лётной подготовке 279-го отдельного корабельного истребительного авиационного полка Краснознамённого Северного флота. За успешное освоение новой авиационной техники и проявленные при этом мужество и героизм Указом Президента Российской Федерации от 6 января 1999 года подполковнику Дубовому Виктору присвоено звание Героя Российской Федерации. Продолжал службу в Военно-Морском флоте. В 2000 году окончил Военно-Морскую академию имени Н.Г. Кузнецова. С 2001 года — заместитель командира авиационного полка. С 2006 года — старший инспектор-лётчик ВВС Северного флота. С 2009 года полковник Дубовой В.В. — в запасе.
Отпевание состоялось 03 мая 2019 года в траурном зале при кладбище Министерства Обороны в Мытищах. Отпевали настоятель храма Владимирской иконы Божией Матери в Виноградове протоиерей Владимир Головков и диакон Димитрий Гусев.